Cikal bakal berdirinya MI Ma’arif Surotrunan dimulai sejak zaman kemerdekaan, yaitu dengan berdirinya Madrasah Wajib Belajar (MWB) atau madrasah sore di Musholla Al Barkah asuhan Bapak K. Majirod. Madrasah tersebut hanya mengajarkan mata pelajaran agama. Siswa atau santri pada saat itu berasal dari daerah Surotrunan dan sekitarnya, karena masih terbatasnya ustadz atau tenaga pengajar yang ikut mengelola Madrasah Wajib Belajar.
Seiring bertambahnya siswa atau santri tempat yang tidak mencukupi akhirnya pindah ke Masjid Jami' Al Hidayah asuhan bapak Kyai Fajri yang mempunyai ruang cukup luas untuk tempat pembelajaran. Adanya gejolak peristiwa Gestapu atau G30SPKI, sempat mengalami penurunan jumlah santri
Beberapa tahun kemudian, para kyai dan tokoh masyarakat berpikir agar Madrasah Wajjib Belajar untuk dijadikan sekolah formal atau sekolah yang diakui oleh pemerintah. Sehingga sejak Tahun 1978 nama Madrasah Wajib Belajar (MWB) berubah menjadi Madrasah Ibtidaiyah (MI) Ma'arif Surotrunan sesuai dengan Surat Keputusan Departemen Agama Republik Indonesia dalam Piagam Madrasah Nomor : I.k/3.c/19226/Pcm.MI/1978 Tahun 1978.
Perubahan nama itu dikarenakan pada saat itu nama lembaga pendidikan MWB tersebut harus memenuhi beberapa persyaratan yang telah ditetapkan oleh Departemen Agama, yaitu harus memiliki tanah, gedung, lahan perikanan, peternakan, dan pertanian milik sendiri. Padahal pada saat itu MWB tanahnya masih menumpang milik H. Fadlilah yang kondisi pada saat itu tanah tersebut tidak boleh untuk di sewa maupun di beli, namun H. Fadlilah memperbolehkan MWB menggunakan tanah miliknya untuk kegiatan pembelajaran. Gedung yang digunakan oleh peserta didik MWB sorenya digunakan untuk kegiatan mengaji dengan nama Madrasah Ibtidaiyah. Karena MWB tidak memenuhi syarat untuk menjadi sebuah lembaga pendidikan yang diakui oleh Departemen Agama, maka MWB berubah menjadi MI Ma’arif Surotrunan dengan izin operasional dengan tanah wakaf yang diberikan oleh Bapak Sukimin. Selebihnya adalah hak pakai milik masjid, milik H. Fadlilah dan KKG PAI.
MI Ma’arif Surotrunan merupakan milik masyarakat Surotrunan yang pengelolaannya diserahkan pada Komite Madrasah dan Pengurus Madrasah, serta bertanggung jawab melaporkan segala akivitas yang ada di MI Ma’arif Surotrunan kepada Lembaga Pendidikan Ma’arif NU Cabang Kabuaten Kebumen. Jadi secara administrasi MI Ma’arif Surotrunan menginduk kepada Lembaga Pendidikan Ma’arif NU Cabang Kabupaten Kebumen.
Kondisi awal MI Ma’arif Surotrunan sangat sederhana dengan gedung, sarana dan prasarana yang terbatas. Bahkan pada tahun 2000 an, dengan kondisi yang masih sangat minim, beberapa orang tua/wali murid dari Dukuh Era Jatisari dan Era Karangsruni merasa keberatan ketika harus belajar ke Era Jabanayan. Apalagi saat musim hujan, jalan yang jauh dan licin sangat menyulitkan siswa untuk menuju madrasah. Akhirnya dengan bantuan kepala desa saat itu Bapak Mohamad Basri, berusaha mendirikan gedung di lokasi Dukuh Era Jatisari dengan tanah wakaf dari keluarga Bapak H. Mukhlasin. Alhamdulillah dapat menampung siswa dari Dukuh Era Jatisari, Era Karangsruni bahkan dari Desa Soka.
Atas kerjasama yang baik antara pengurus madrasah, komite, kepala madrasah saat itu Ibu Hj. Nariyah, A.Ma, tenaga pendidik dan kependidikan, para donatur, serta partisipasi masyarakat yang sangat tinggi, maka dari tahun ke tahun senantiasa mengalami kemajuan baik di jumlah muridnya maupun segi fisik atau gedung tempat pembelajaran dan sarana prasarana yang dimilikinya.
Seiring dengan perkembangan zaman, MI Ma’arif Surotrunan mengalami perubahan status. Pada tahun 1978 berstatus terdaftar sesuai dengan SK Departemen Agama nomor I.k/3.c/19226/Pcm.MI/1978 tertanggal 1 Januari 1978. Pada tahun 2006 berstatus Terakreditasi C sesuai SK Departemen Agama nomor Kantor Wilayah Jawa Tengah Nomor Kw.11.4/4/PP.03.2/623.05.74/2006 tertanggal 19 Juli 2006.. Pada tahun 2011 mendapat status Terakreditasi B dari Badan Akreditasi Nasional Sekolah/Madrasah (BAN-S/M) tertanggal 27 Oktober 2011. Pada tahun 2013, mendapatkan Keputusan Menteri Hukum dan Hak Asasi manusia Republik Indonesia Nomor AHU-119.AH.01.08 Tahun 2013 tentang Persetujuan Perubahan Anggaran Dasar dan Pengawas Perkumpulan Nahdlatul Ulama disingkat NU. Akreditasi selanjutnya pada Tahun 2016 dengan Surat Keputusan Noor 220/BAP-SM/X/2016 tertanggal 29 Oktober 2016. Terakhir keputusan Kepala Kantor Wilayah Kementerian Agama Provini Jawa Tengah Nomor 3551 Tahun 2018 tentang Pengganti Ijin Pendirian Operasional MI Ma'arif Surotrunan Kabupaten Kebumen tanggal 27 November 2018.
MI Ma’arif NU Surotrunan mengalami beberapa pergantian kepemimpinan, mulai dari Bapak Majirod, Bapak K. Fadlilah, Bapak Sariman, Ibu Hj. Nariyah, A.Ma dan Bapak Solikhudin, S.Pd.I. Pada tahun 2017 diangkat Bapak H. Moh. Solechan, S.Ag., M.Pd.I sebagai kepala MI Ma’arif Surotrunan oleh pihak yayasan sampai sekarang. Walaupun berstatus ASN, namun yang mengangkat dari PC Lembaga Pendidikan Ma'arif NU Kabupaten Kebumen.
Dari tahun ke tahun, kualitas MI Ma’arif NU Surotrunan terlihat maju dan tidak kalah dengan madrasah atau sekolah lainnya. Hal ini dibuktikan dengan berbagai prestasi dalam perlombaan tingkat Kecamatan, Kabupaten, bahkan sudah bisa mengikuti perlombaan sampai tingkat propinsi. Jumlah siswa pun mengalami peningkatan yang cukup tajam, jika beberapa tahun sebelumnya, jumlahnya siswa terendah dari sejumlah MI di wilayah Alian dan Poncowarno (AliPo), maka pada tahun 2019 menjadi terbanyak dari 10 MI yang ada di AliPo yaitu 220 siswa.
Prestasi yang didapat MI Ma'arif Surotrunan (MIMARO) pada tahun 2019 adalah mendapatkan 22 Piala dalam Ajang Kompetisi Seni dam Olahraga Madrasah (AKSIOMA) tingkat KKMI Alian Poncowarno. Dalam ajang lomba yang diikuti SD/MI se-kecamatan Alian berhasil mendapatkan Juara 3 Dokter Kecil SD/MI dan Juara Harapan III Perkemahan Jambore SD/MI. Di tingkat Kabupaten Kebumen berhasil menjadi juara Pidato Bahasa Indonesia MI Ma'arif se-Kabupaten Kebumen, dan berhak maju ke tingkat Provinsi yang dilaksanakan di Kabupaten Temanggung.
Selanjutnya pada tahun 2020 berbagai prestasi ditorehkan MIMARO, antara lain mendapatkan 20 Piala dalam Ajang Kompetisi Seni dam Olahraga Madrasah (AKSIOMA) tingkat KKMI Alian Poncowarno. Selanjutnya pada AKSIOMA Kabupaten mengirimkan 7 kontingen dan mendapatkan 3 masing-masing Juara 2 Kaligrafi Putra, Juara 3 Kaligrafi Putri dan Juara 2 Tenis Meja Tunggal Putri. Selanjutnya mulai 15 Maret 2020 terjadi Pandemi Covid-19, maka berdampak terhadap proses, baik Kegiatan Belajar Mengajar dan prestasi akademik maupun non akademik. Jumlah siswa pun terus naik di tahun 2020 menjadi 240 siswa.
Selanjutnya pada tahun 2021 mulai muncul banyak ajang perlombaan, namun hanya tingkat kabupaten ke atas dan alhamdulillah MIMARO dapat meraih ajang prestasi tingkat Kabupaten dan Provinsi. Pada ajang tingkat kabupaten dapat meraih prestasi dalam Imtihan dan Tashih Akhir Santri (IMTAS) yang diselenggarakan oleh Korcab Metode Qiraati tingkat Kabupaten dengan meraih peringkat nilai 3 (tiga) besar. Selanjutnya di tingkat Provinsi dapat menggondol 3 (tiga) medali perunggu untuk OSKANU (Olimpiade Sains dan Ke-NU-an) bidang Matematika (2 siswa) dan Ke-NU-an (1 siswa). Sementara di awal Tahun Pelajaran 2021/2022 ini jumlah siswa sampai sejarah ini ditulis 245 siswa. Demikian semoga bermanfaat dengan jumlah guru dan karyawan 14 dan ustadz ustadzah 7 orang, total 21 orang.